Kyrkan är en stark förkämpe för interreligiöst samarbete när det gäller frågor som är av vikt för alla religioner. Scientologer arbetar med representanter från flera religioner, för att uppmuntra och medverka till interreligiös dialog, religionsfrihet och respekt för religion i samhället.
Scientologer har kämpat aktivt för religionsfrihet i Europa. I Frankrike samlades tusentals scientologer för att tillkännage en ”Förklaring om religionsfrihet”, vilken därefter antogs av Europarådet. I Danmark är scientologer aktiva medlemmar i den danska Interfaith Forum, en frispråkig röst för religionsfrihet i hela Skandinavien. I Belgien spelade Scientology Kyrkan en viktig roll i upprättandet av den ekumeniska European Council of Religious Movements, vars ledamöter representerar sina respektive kyrkor i frågor om religiös frihet.
Scientology Kyrkor har också flera mångreligiösa konferenser i Europa och USA för att uppmuntra religioner att samarbeta för religionsfrihet och tolerans. I Ryssland hjälpte scientologer till att anordna en rad rundabordssamtal på hög nivå i frågan, några i samarbete med nationella ombudsmanskontoret och Ryska akademin för statliga vetenskaper.
I kölvattnet efter World Trade Center-katastrofen den 11 september 2001, var Scientology Kyrkan i England värd för en internationell konferens med titeln ”Filling the Moral Vacuum” (Att fylla det moraliska tomrummet). Bland de sjuttiofem deltagarna fanns religiösa ledare, människorättsaktivister och akademiker från Europa, Asien, Afrika, USA och Kanada.
I Los Angeles och på andra håll, sitter Scientologi-pastorer med på rådsmöten för präster som sponsras av brottsbekämpande organ, däribland Los Angeles County Sheriffs Department och Los Angeles Police Department. Dessa råd organiserar lokala evenemang för att hjälpa slumområdenas ungdomar att hitta syfte och riktning i sitt liv.
